Studi terhadap DNA dalam gen telah lama menguatkan kesimpulan mengenai kemiripan molekuler manusia dan kera besar. Informasi sekuens nukleotida paling lengkap sejauh ini berasal dari genom mitokondria yang berevolusi dengan pesat, yang sekuens DNA lengkapnya pada manusia, simpanse, dan gorila, sudah diperoleh. Diantara 16.000 posisi nukleotida dalam molekul, hanya sekitar 1.400 (8,8%) yang berbeda, antara manusia dan simpanse. Perkiraan perbedaan sekuens antara manusia dan gorila adalah 10,6%, dan antara gorila dan simpanse 10,3%. Di antara ketiga spesies ini, kemiripan terbesar adalah antara manusia dan simpanse.

Sebagai contoh, protein manusia dan simpanse berikut ini sering sama persis sekuens asam amino-nya (jumlah lokasi asam amino ditunjukkan dalam tanda kurung): fibrinopeptida (30); sitokrom c (104); lisozom (130); hemoglobin α (141); hemoglobin β (146); dan hemoglobin δ (146). Protein-protein yang nyaris serupa antara lain hemoglobin γ (1 substitusi asam amino dalam 146 lokasi); mioglobin (1 substitusi, 153 lokasi); anhidrase karbonat (3 substitusi, 264 lokasi); serum albumin (6 substitusi, 580 lokasi), dan transferin (8 substitusi, 647 lokasi). Total ada 2.486 dari 2.487 (99,2%) lokasi asam amino pada kesebelas protein itu yang identik, baik pada manusia maupun simpanse.

Saat spesies-spesies yang berkerabat memisah dari leluhur bersama, akumulasi perbedaan mutasi mereka cenderung terjadi dengan laju teratur yang dapat dikalibrasi. Dengan memanfaatkan metode laboratorium tertentu, spesies-spesies hidup dengan catatan fosil atau biogeografis yang cukup lengkap dapat ditelaah perbedaan molekulernya. Laju evolusi molekuler selanjutnya diperkirakan dengan membagi nilai perbedaan molekuler yang bersangkutan dengan jarak waktu dari leluhur bersama (sebagaimana yang didapat dari bukti biogeografis atau fosil yang independen).

Gabungan contoh-contoh semacam itu menunjukkan laju yang cukup teratur yang memungkinkan para ilmuwan menyusun konsep "jam molekuler" (molecular clock) yang berlaku bagi molekul, taksa (dari istilah "takson" pada "taksonomi"), atau prosedur pengujian tertentu. Kalibrasi jam molekuler bisa dipakai untuk memperkirakan masa pemisahan antar beberapa taksa yang masih hidup sekarang, apabila bukti fosil tidak memadai. Kita tahu bahwa laju evolusi DNA mitokondria (mtDNA) adalah kira-kira 2% dari perbedaan sekuens antara sepasang garis garis keturunan yang berkerabat per sejuta tahun. Dengan demikian, berdasarkan jam evolusioner tersebut, pemisahan filogenetis antara manusia dan simpanse diperkirakan terjadi pada 4,5 juta tahun lalu.

Para kreasionis umumnya beranggapan bahwa kemiripan genetis antara manusia dan kera besar bukanlah merupakan bukti telak bagi kesamaan leluhur evolusioner. Kemiripan ini bisa saja ditafsirkan sebagai pilihan Sang Pencipta untuk menciptakan organisme yang serupa dalam tindakan penciptaan yang berbeda. Sebenarnya ada sederet argumen filosofis untuk mematahkan anggapan tersebut, tapi karena disini kita bicara dalam ranah sains, maka sudah semestinya kita memakai argumen saintifik saja.

Kita ambil analogi dari dunia blog ;). Misalkan saya menemukan entri dari blog lain yang isinya sama persis dengan entri pada blog saya. Saya tidak bisa begitu saja menuduh si pemilik blog melakukan copy-paste terhadap entri blog saya. Kenapa? Karena yang bersangkutan bisa saja berkelit bahwa materi yang ditulis pada kedua blog bersifat baku dan terbatas. Dengan demikian, kedua entri blog tersebut dapat dianggap merupakan hasil "penciptaan terpisah" oleh kedua penulis, bukannya plagiat asli dari teks "leluhur".

Tapi ceritanya akan jadi lain apabila saya menemukan adanya kesalahan kecil, entah tata bahasa maupun ejaan, pada entri blog saya yang juga didapati pada entri blog yang diduga hasil plagiasi. Disini si plagiat bakalan sulit untuk berkelit.

Analogi ini juga berlaku pada "teks" genetis manusia dan kera. Genom organisme memang mengandung beberapa "kekeliruan" fungsional. Kekeliruan molekuler yang sangat terperinci kerap ditemukan dalam spesies-spesies yang mirip, dan karenanya menggugurkan skenario penciptaan terpisah dan justeru mendukung skenario sejarah evolusi.

Salah satu golongan kekeliruan molekuler yang parah adalah keberadaan pseudogen yang tidak punya fungsi apa-apa. "Bangkai gen" semacam ini sering ditemukan pada berbagai spesies yang diduga berkerabat dan punya kemiripan yang terperinci. Sebagai contoh, manusia dan kera besar sama-sama punya pseudogen yang terkait dengan gen fungsional yang menyandikan epsiolon imunoglobin (protein antibodi yang terlibat dalam mekanisme alergi). Tambahan lagi, pseudogen tersebut menempati lokasi yang sama, baik pada genom manusia maupun simpanse, suatu hal yang nyaris mustahil dalam hipotesis asal-usul terpisah. Contoh lain adalah pseudogen dalam inti sel yang nampaknya berpindah dari mitokondria. Kini "fosil" duplikat gen mitokondria dalam inti sel yang tak berfungsi itu terdapat pada beberapa primata, termasuk juga manusia.

Skenario kekeliruan molekuler ini memberikan implikasi yang kurang menguntungkan bagi penganut kreasionisme. Seolah-olah Tuhan adalah Pencipta yang ceroboh dengan melakukan copy-paste secara serampangan terhadap genom mahluk ciptaanNya. Sebaliknya, dalam pandangan evolusi, keadaan tersebut dipahami sebagai konsekuensi kesamaan leluhur semata, dimana pada sejarah filogenetis primata, pseudogen yang tak berfungsi muncul dan kemudian diwariskan kepada keturunannya — suatu penjelasan sederhana yang tidak perlu sampai merusak iman kepada Sang Pencipta.